如果夫妻双方达成了协议离婚的决定，但女方在离婚协议签署前已经怀孕，那么这个情况下需要根据实际情况做出相关的决定。
首先，需要确定胎儿的父亲是否为丈夫一方。如果是，则需要在离婚协议中考虑胎儿的权益和抚养问题。双方应该协商并制定出详细的抚养协议，明确孩子的监管、教育和抚养等细节。如果丈夫一方不同意承担抚养责任，则可以在协议中约定赡养费。
如果胎儿的父亲不是丈夫一方，那么需要另外考虑孩子的监管、教育和抚养等问题。根据法律规定，非婚生子女的抚养权由生母单独行使，而非婚生父亲无权要求抚养。但是，如果生母愿意将孩子抚养权转让给其它人，则需要经过法律程序进行确认和认定。
总之，在协议离婚时女方怀孕的情况下，需要根据实际情况和法律法规进行分析和处理，以确保胎儿的权益得到保护，同时也确保离婚双方的权益得到尊重。此外，受到离婚影响的非常不仅是夫妻双方，还包括了胎儿的健康成长，因此，孩子的安全和福利应该放在最重要的位置上。
