协议离婚是夫妻双方在家庭矛盾解决无望时，通过协商达成同意离婚的方式。当女方在协议离婚后怀孕，具体处理方法需要根据具体情况进行分析和解决。
首先，如果女方怀孕前已经签署了离婚协议，需要根据协议内容去理解和分析是否涉及到相应规定，需要双方协商解决。如果协议中没有明确规定，也需要双方协商解决。
其次，如果女方怀孕后离婚，需要根据相关法律规定，婚内财产应当公平合理地分配，并确定子女的抚养权与监护权，确保孩子的权益受到保护。如果女方怀孕后达成协议离婚，需要制定一份明确的离婚协议，包括孩子的抚养问题、监护权问题，以及财产分配。
此外，女方怀孕后离婚可能会影响到孩子的抚养和成长，夫妻双方需要协商解决。如果双方不能协商，可以请求法院进行调解或判决，确保孩子的权益得到充分保护。
总之，女方怀孕后协议离婚的情况需要根据具体情况进行分析和解决，在确保孩子的权益得到保障的前提下，需要夫妻双方共同协商解决。如果存在争议，可以寻求法律途径进行解决。
