短信变更抚养权的实际效力存在争议，其法律效力在不同的情况下可能存在一定的限制。
首先，短信作为一种简单的书面文件，其证明力可能存在不足。在法庭上，如果对方一方否认收到短信或者指出短信的真实性有问题，那么短信的作用就会被削弱。此外，如果需要证明抚养权变更的合法性，并且需要提供更为全面、完整的证明材料时，单独依靠短信可能显得不够充分。
其次，法律规定变更抚养权需要满足一定的条件和程序，其中包括双方父母必须协商一致、提交申请书并经过审批等。如果仅仅通过短信进行变更抚养权协议，那么就有可能不符合法定程序，导致抚养权变更的有效性受到质疑。
总的来说，在实际操作中，短信变更抚养权仅仅作为双方协商、达成一致的一种方式之一，而并不能完全替代正式的法定程序。如果需要变更抚养权，建议双方父母仍然应该尽可能的通过合法途径进行，以确保变更的有效性和合法性。
