短信协议变更抚养权是指双方以短信的形式达成关于抚养权归属的协议，在法律上是否有效需要根据具体情况而定。
首先，根据我国《合同法》的规定，合同可以采用文字、口头、书面等形式，只要达成了真实意思表示，合同即视为成立。因此，从合同形式上讲，双方通过短信达成有关抚养权归属的协议也是有效的。
其次，需要注意的是，抚养权是关系到未成年人的重要权益，其归属必须通过法律程序进行认定，不能仅基于双方的约定。当双方协议与法律规定不一致时，法律优先适用。因此，如果双方的短信协议与法律相悖，将不会被法律承认。
最后，需要明确的是，即使双方达成了协议，也需要经过法院的审批，否则该协议也是无效的。如果双方通过短信协议变更抚养权，但未经过法院的审批，将会遭受被废弃或无效的风险。
综上所述，短信协议变更抚养权在法律上是否有效，需要根据具体情况而定。建议当事人在处理此类事务时，需了解相关法律法规，寻求专业法律意见，以免引起后续的法律风险。
