根据我所了解的情况分析，两人之间仅仅通过短信进行离婚，这种离婚是否算作协议离婚，需要根据当地的法律规定来判断。
一般来说，协议离婚需要符合以下条件：首先是夫妻双方都自愿离婚，其次是离婚协议应当是双方自愿签订，达成协议，并在公证机构公证。根据这些规定来看，两人之间通过短信进行离婚，显然不符合协议离婚的要求。
此外，短信这种沟通方式并不具备证据的确凿性。如果有一方在后期改变立场，或者出现其他争议，那么很难证明这种离婚方式的有效性，会给离婚后的生活带来很多不确定性。
因此，两人之间通过短信进行离婚，不能算作协议离婚。建议夫妻双方如果真的想要离婚，最好通过正规的渠道，例如律师或者公证机构进行离婚协议的签订，在确定协议无误后，再由双方到当地民政局进行正式离婚手续。这样可以确保离婚的合法性和有效性，也能避免离婚过程中出现其他纠葛。
