在协议离婚中，双方需要就财产分割达成一致。对于小产权房这种特殊类型的房产，双方可以通过以下几个方面进行协商：
1. 确认房产归属：双方需要第一时间确认该房屋的产权情况，包括产权证、土地证等。如果一方持有产权证，则可以将该房产归属于该方名下；如果双方共同持有该房产，则可以考虑将房产按比例分割。
2. 确认房产价值：由于小产权房类型较为特殊，因此其价值通常较低，而且难以进行抵押贷款等操作。在协议离婚中，双方可以请专业的房产评估师进行评估，以确认该房产的实际价值。
3. 确认分割比例：根据小产权房的实际价值，双方可以进行比例分割，如按照50:50的比例进行分割等。
4. 分割具体方式：最后，双方需要明确该小产权房的具体分割方式，如是否需要将房产出售，销毁等。同时，还需要就各项细节进行明确，如税费、装修等方面的细节问题。
在协议离婚中，小产权房的分割和处理往往需要双方长时间的沟通和协商。双方需要理性看待问题，尽量达成一致，以避免不必要的纷争和麻烦。
