当双方在离婚协议中达成了抚养权的安排，如果其中一方想要更改这项协议，他们必须通过法院修改协议。法院会审查该协议并权衡双方的权益，以最符合孩子最佳利益的方式做出决定。因此，如果双方在协议中达成了更改抚养权的安排，这只有在法院批准的情况下才会生效。
在此过程中，法院会考虑以下因素：
1. 孩子的需求：法院会优先考虑孩子的最佳利益，并警惕任何可能损害孩子生活的协议更改。
2. 父母的能力：如果其中一方可以表现出更能胜任抚养孩子的工作，法院可能会更倾向于支持更改协议。
3. 环境稳定性：法院会评估父母的稳定性以及孩子在新环境下的调整能力。如果孩子在完成教育或生活稳定之前就频繁移动，这对孩子是非常不利的。
总之，协议更改抚养权必须在法定程序下由法院裁决，并且必须考虑到孩子的最佳利益。因此，双方协议更变抚养权只有在法院批准并遵循孩子的最佳利益原则的情况下才会有效。
