拆迁补偿协议是指政府或开发商与房屋所有者进行房屋拆迁后的应得所得之间达成的协议。拆迁补偿协议是合法的，但是拆迁补偿标准的制定存在一些问题。
首先，政府和开发商对房屋的拆迁补偿标准往往极低，比如只能得到一部分的货款，这样会对房屋主人的利益造成损害。许多房屋所有者可能不够了解市场情况，并不知道自己的房屋价值实际上比拆迁补偿标准更高。因此，政府和开发商可以利用他们的权力优势，降低房屋主人的拆迁补偿。
其次，制定拆迁补偿标准的权力不清晰，容易导致标准的不公平。有些市政府并没有建立完善的二级市场，这让政府很难确定拆迁补偿标准。建立区域二级市场比给定标准更公平，这样拆迁补偿可以与市场形势相符，房屋主人得到的补偿更加公平合理。
最后，因为人口多种多样，拆迁补偿标准也应该有所不同。政府和开发商在制定拆迁补偿标准时应该因地制宜，对不同类型的房屋进行不同的补偿标准。房屋的价值应该与房屋的特殊属性结合考虑。例如，对于具有特殊历史价值的建筑物，拆迁补偿标准应该更高。
综上所述，拆迁补偿协议是合法的。但是，制定拆迁补偿标准需要考虑市场情况、制定补偿标准的权力问题以及区域特殊属性等问题。这样才能确保拆迁补偿标准的公正和合理。
