分居协议可以在离婚时起到一定的作用，但其有效性需要具体情况分析。
在我国，离婚可以通过诉讼和协议两种方式进行，而分居协议可以是协议离婚的重要内容之一。分居协议是指夫妻双方在分居前达成的、以书面形式记录的协议约定，包括夫妻双方的财产分割、抚养子女、财务等方面的具体安排。离婚时若依据双方达成的分居协议进行协议离婚，可以缩短诉讼时间，降低离婚费用，达到双方理性、平和分手的目的。
但是，分居协议并不代表一定会被认可或者执行。首先，协议内容应当合法合理，符合法律法规、司法解释的规定。如协议中涉及财产分割，应符合我国《婚姻法》、《民法典》等法律法规的规定；涉及子女抚养问题，应符合《中华人民共和国婚姻法》和《未成年人保护法》等法律法规的规定。其次，分居协议必须是双方自愿达成的，不存在违反意愿、被逼迫等情况。再次，协议应当符合公序良俗，不得违背社会道德风尚。
另外，需要注意的是，离婚时协议的效力也与具体的法定程序相关。协议离婚需要司法机关进行审查、确认，确认的内容应当是协议的合法性和具体执行方案的合理性。如果协议离婚不能够最终得到司法机关的确认，该协议就不具备法律效力。
综上所述，分居协议可以在离婚时起到一定的作用，但其有效性需要具体情况分析。如果协议内容合法合理、公正公平，符合法律法规的规定，并且是双方自愿达成的，经过司法机关确认后，分居协议才能具备法律效力。
