在法律上，分居六年协议离婚是有效的。在一些国家和地区，如果夫妻分居达到了一定的时间，例如六年，法院可以依据这一事实批准离婚。在这种情况下，夫妻双方可以通过协议的方式决定各种财产分割、抚养权约定等问题，然后向法院申请离婚。
分居六年协议离婚通常是比较简单的离婚方式之一，因为双方已经在实际上分开了六年，法院不需要调查婚姻是否真的破裂。但是，也需要注意到的是，夫妻协议有可能并不能完全解决所有问题，比如所谓的“涉外离婚”，既涉及外籍夫妻的离婚案件。对这样特殊情况，还需要更多的法律程序来保障双方的合法权益。
此外，分居六年协议离婚在某些国家和地区可能并不适用，因为法律可能规定的单独而口头分居只是一种不受法律限制的形式，而不是一种法律地位。因此，建议夫妻在决定离婚之前，应当咨询专业的法律机构或律师，以便确保他们的离婚协议符合法律要求，能够有效保护夫妻双方的权益。
