分居三年协议离婚是指夫妻分居三年后，双方自愿签署协议并向法院申请离婚的方式。在这种情况下，如果协议内容符合法律规定，那么这种离婚方式是有效的。
首先，离婚协议的内容必须符合法律规定，包括夫妻财产的分割、子女抚养和监护等方面。如果离婚协议不符合法律规定，法院在审理过程中是不会批准的。
其次，协议离婚需要双方自愿签署，这是有效离婚的最基本条件。如果一方不同意离婚，那么双方就无法签署协议。此时，如果一方提出起诉要求离婚，法院将进行诉讼判决。
最后，协议离婚需要向法院申请并获得法院批准。法院在审理过程中，需要确认协议内容是否符合法律规定，是否存在双方恶意串通等情况。如果法院认为协议内容不合法或者存在骗取批准的情况，法院也会拒绝批准协议离婚。
总的来说，分居三年协议离婚是一种有效的离婚方式。但是，协议离婚也需要注意相关法律规定，避免漏洞和问题的出现。在签署离婚协议之前，夫妻双方应该咨询专业律师的意见，确保自己的权益得到完善的保障。
