分居协议在离婚时是有效的，但仅仅存在分居协议并不会自动导致离婚。离婚是需要向法院提起诉讼并由法院确认的，因此分居协议只是一种协商离婚的方式。
分居协议是夫妻自愿协商的结果，其内容可以包括财产划分、子女抚养、财产分配等方面。分居协议的签署需要双方自愿并达成一致意见，否则就无法成立。分居协议的达成可以有效减少离婚时的矛盾和冲突，从而有助于避免双方对婚姻的既定印象，缓解离婚带来的痛苦。
但是，分居协议并不是一张立竿见影的通行证。其具体实施到离婚程序中，需要参与到离婚诉讼中。如离婚双方就离婚形式、财产分配、子女抚养等多个问题存在争议，分居协议将无法解决问题，离婚的最终判决将取决于法院。
总之，分居协议是一种在离婚中协商的解决方式。但分居协议中仅仅体现了双方意愿，受到法律保护受限，离婚仍需要向法院提起诉讼并由法院确认。双方应严格根据协议内容实施，并在确保法律合法性下达成最终解决方案。
