协议离婚是夫妻双方自愿达成的离婚协议，即夫妻在离婚过程中达成协议，按照协议办理离婚手续，而非通过法院审理。在离婚协议中，有时候需要进行亲子鉴定以确认孩子的亲生父母关系。下面是协议离婚做亲子鉴定的具体流程：
1. 确认需要做亲子鉴定的孩子
一般情况下，在协议离婚中需要做亲子鉴定的情况，都是存在争议的。因此，首先需要确认需要做亲子鉴定的孩子，以及需要鉴定的父母。
2. 找到可靠的鉴定机构
在进行亲子鉴定时，需要找到一家可靠的鉴定机构。通常情况下，在找鉴定机构时，需要选择一家具有相关认证的第三方机构，这样可以确保鉴定结果具有公信力。
3. 进行亲子鉴定
在确认需要鉴定的孩子和父母之后，你需要按照鉴定机构提供的流程进行亲子鉴定。通常情况下，鉴定机构会要求采集被鉴定人的血样和唾液样本，以进行DNA比对。
4. 获得鉴定结果
一般情况下，在进行完亲子鉴定后，鉴定机构会提供鉴定结果。你需要将鉴定结果提供给离婚协议的双方，并按照双方约定的方式处理离婚产生的财产、债务等事项。
需要注意的是，协议离婚中做亲子鉴定所需要的时间和费用都会根据实际情况而有所不同。因此，在进行亲子鉴定前，需要深入了解鉴定机构的流程和费用，以免出现不必要的麻烦和费用。
