协议离婚是指夫妻双方在离婚协议书上签字，自愿离婚并约定好财产、子女抚养等问题。在协议离婚中进行亲子鉴定，主要是用来确定子女的父母身份，实现真正的公正和合法性，有几个方面需要考虑：
第一，尊重真实权利。无论男女都有知晓自己孩子的权利，而孩子也有知道亲生父母的权利。如果亲子关系不能确认，父母和孩子都会面临不能享受到相关补贴、权益等问题，这是不公平的。
第二，保护孩子的利益。如果双方都确认离婚协议的时候没有进行亲子鉴定，在未来的日子里，如果有其他人声称是孩子的父母，可能会导致孩子的身份不明，从而给孩子带来更多的困扰和损失，这是起码需要考虑的。
第三，加强夫妻关系的信任。尽管协议离婚是在双方的自愿情况下达成的，但是在中国，离婚仍然是一个敏感的话题。如果夫妻在离婚协议中进行亲子鉴定，这样可以给对方增加了更多信任，也可以避免未来产生其他的矛盾。
总之，在协议离婚中进行亲子鉴定是有必要的。这种做法能保护孩子的权益，还能避免产生矛盾，也是为夫妻双方长期的关系扫清异议。在现代社会中，预防比解决问题更重要，而亲子鉴定为了避免未来的问题造成更大的恶果，预防性地进行亲子鉴定也是很有必要的。
