协议离婚是指夫妻双方自愿达成协议，同意解除婚姻关系的方式。在协议离婚中，当双方存在亲子关系争议时，可以通过亲子鉴定来解决，并确保鉴定结果的公正性和可靠性。
首先，对于需要进行亲子鉴定的双方，应该首先寻找公正、专业的鉴定机构进行测试。在选择鉴定机构时，考虑机构的资质，信誉和专业性是非常重要的。可以在亲戚、朋友等社会关系圈中征求推荐，或通过互联网搜索评价较好的机构。
其次，在进行亲子鉴定前，必须获得双方当事人的明确同意。并确定亲子鉴定的费用由哪一方承担，以及测试时间和地点等细节问题。
在进行亲子鉴定时，需要双方到场并配合测试，测试通常包括血样、口腔拭子和指甲样品等。鉴定结果将由鉴定机构给出，需要在公证机构进行公证，确保结果的真实可信。
最后，对于亲子关系鉴定结果，双方应该信任和尊重，接受鉴定结果并根据结果作出相应决定。如若有异议，可在法律程序中寻求帮助。
总之，协议离婚后进行亲子鉴定需要一系列事项的协调安排，因此建议双方在选择机构时，要较为谨慎，认真协商细节问题，并严格执行公证程序，以保证鉴定结果的准确性。
