公证处修改离婚协议确实可能会有一些麻烦，具体情况主要取决于以下几个因素：
1. 修改原因：若是原离婚协议存在严重缺陷或不当条款，需要进行修改的原因比较充分，公证处就会相对容易接受修改请求，并予以相应更改。如果修改原因比较牵强或没有充分的事实依据，公证处可能就会拒绝修改请求。
2. 协议内容：如果需要修改的内容较为简单，比如更改财产分割方式或抚养协议中某个具体细节，公证处的部分工作量就会降低，时间和费用相对较少。但是如果需要修改的内容较为复杂，比如重新预定财产分割比例或更改子女抚养方式等，公证处处理时间和费用就会相应增加。
3. 双方意愿：如果离婚双方都支持修改离婚协议，双方都会积极配合公证处的工作，那么整个修改流程就会比较顺利。但是如果一方不同意修改离婚协议，或者两方对修改内容意见不一，就会引发一系列争执和谈判，并可能影响到修改的时间和费用。
总之，公证处修改离婚协议的难度和复杂度因情况而异，需要具体分析具体问题，不过一般而言，选择一个平衡各方利益的解决方案，积极与公证处和离婚双方进行沟通，多加耐心和理解，就有可能顺利解决问题。
