协议拆迁是指政府和居民达成一致，签署书面协议进行拆迁。按照《物权法》，房屋所有权人有权支配其房屋的使用、收益和处分权，任何单位、个人未经所有权人同意，不得擅自损害其合法权益，否则将受到法律制裁。
因此，在协议拆迁中，只有当房屋所有权人同意拆迁，政府才能实施拆迁。如果房屋所有权人不同意拆迁，政府无权进行强制拆迁，否则将涉嫌侵犯私人财产权。
但是，有些地方在进行拆迁时存在不合规行为，比如将合法的房屋也一并拆除，这是涉及到违法行为，应当受到法律的制裁。此外，在协议拆迁中，政府也应当保障被拆迁房屋所有权人的利益，给予合理的补偿和安置。如果政府拆迁所涉及的房屋是合法的，那么这部分房屋所有权人可以质疑政府是否无公害、是否环保合规、是否合法等等。如果调查下来这部分房屋被侵占了合法权益，那么政府是无法继续进行拆迁的，否则会构成侵权行为。
因此，协议拆迁不会涉及到拆除合法的房屋。对于政府而言，应该注重遵守法律法规、保障居民合法权益、确保拆迁的公正、合法和透明。对于居民而言，也应当了解自己的合法权益，遵守拆迁协议，维护自己的合法权益，合法维权，不放过任何一个保护自己的机会。
