南京的拆迁协议是在城市规划管理部门办理的，一般是在市城市规划局或区城市规划局，具体需要办理哪个部门的拆迁协议可以咨询当地相关部门或拆迁办公室。
拆迁协议是指在房屋拆迁过程中，开发商和拆迁户之间签订的一份协议，内容包括房屋征收、安置和补偿等事宜。拆迁协议一般需要满足法律规定，并经过相关部门的审核批准。
在南京，拆迁协议办理需要提供相关资料，如房屋产权证、身份证、户口簿、法人营业执照、土地证等证件，同时还需要填写相关申请表格和提交拍摄好的房屋照片等相关材料。
需要注意的是，南京市对于拆迁收费、安置和补偿等事项都有相关的规定，拆迁户在签订拆迁协议之前，应详细了解相关规定，避免遇到一些不法开发商进行侵害自身权益的情况。
总之，在办理南京拆迁协议时，拆迁户需要提前了解相关流程和规定，并保持与开发商和政府部门的沟通联系，以确保自身权益得到保障。
