拆迁补偿协议主体认定的原则是“拆谁补谁”。即将拆迁的房屋的所有权人是主体，其中以下人员均应被认定为合法主体：
1. 单独拥有房屋所有权的业主：所有权人是指购买房屋并登记在土地证上的个人，他们在协议中应被认定为主体。
2. 共有房屋的多个产权人：如果有多个业主的房屋在同一地块，他们共同拥有房屋所有权，则应该在协议中制订出对每个人的补偿方案，以确保公平性。
3. 使用房屋的承租人、租赁人：对于拥有使用权的承租人和租赁人而言，应该在协议中包括他们的权益，以确保他们在拆迁中获得合法的权益。
4. 其他具有权利的人：如房屋上存在抵押、留置等权益的银行、金融公司等应该被认定为权利人，应在协议中列明他们的权益及相应的补偿方案。
总之，拆迁补偿协议应该按照法律规定和公平原则保障所有合法的权益者的权益，确保协议的公平性和合法性。
