协议离婚和分居协议都是一种民事协议，都是双方在达成协议的前提下，通过签署书面文件达成的协议。虽然其性质相似，但是协议离婚和分居协议是有本质区别的。
协议离婚是指夫妻无法继续维持婚姻关系，双方经过协商后，签订协议书，协议离婚。在协议书生效后，双方就解除了婚姻关系，法律上不再有婚姻关系。离婚协议的效力是很高的，因为它是双方协商遵守的。但是，需要注意的是：可能因为意外原因，如其中一方死亡等情况，使协议变得无效。
分居协议是指夫妻间没有明确表示离婚意愿，但是双方因为家庭不和谐等原因，不希望继续同居，因此签订分居协议，允许双方分居生活。分居协议的效力比较有限，因为离婚协议的效力达到“解除婚姻”，而分居协议只是“同居”，离婚协议解决了离婚后的财产分配、抚养子女等问题，分居协议不解决这些问题。此外，在分居的过程中，如果夫妻再次发生争执，分居协议也会失效。
总的来说，协议离婚和分居协议是合法、常见的解决婚姻问题的方法。但是需要注意，签订协议前要仔细考虑自己的利益，协商时需要公平公正，协议书要按照法律规定，维护双方的合法权益，以免造成后续的纠纷。
