协议离婚时，夫妻双方需要就共同财产进行协商，包括房产证的处理。一般来说，夫妻双方可以选择以下几种方式：
1. 分割房产：夫妻双方协商，通过购买赔偿或者再购置其他房产等方式相互协调，把房产根据双方占有情况进行分割。
2. 协议转移：一方协议将房产转移给对方，并将房产证上的名字进行更换。
3. 出售房产：夫妻双方同意将房产出售，将出售款项分配给双方。
无论选择哪一种方式，均需要按照规定办理相关手续，具体可按照以下步骤进行操作：
1. 确认房产证信息；
2. 确认房产证上的权利人，如果有多个权利人，则需取得共同签字同意进行转移或者出售的文件，以确保权利人的同意；
3. 将法院的离婚调解协议或者离婚协议书进行公证，以确保其法律效力；
4. 根据协议进行房产转移或者出售；
5. 完成交易后，需将相关税费等进行缴纳，并将税费的缴纳凭证、房产证等相关材料进行补齐，防止因为缺失材料而导致办理不成功。
需要注意的是，协议离婚时的房产处理需要进行法律公证，确保其具有法律效力，且需进行相关税费等的缴纳。建议夫妻双方应该慎重考虑，尽量通过协商达成一致意见，以减少不必要的矛盾和纠纷。若有需要，可咨询专业律师或者房地产中介公司进行协助。
