根据《中华人民共和国婚姻法》第十五条规定，“离婚后夫妻协议的财产处理，应当符合下列规定：（一）离婚协议对夫妻财产共同所有的部分，离婚后共同处理或者由一方另行买断；（二）离婚协议对夫妻财产共同债务，由双方承担或者约定另行分担。”也就是说，夫妻离婚后达成的协议涉及到财产的分配，按照法律规定进行处理，不管分配的财产算作几套房，应该根据房屋的实际情况来做出判断。
如果离婚协议中涉及到的房屋为夫妻共同所有的房产，那么根据政策规定，只要其中一方名下没有其他房产，这套房就可以计算为首套房。但如果离婚协议涉及的房屋是一方的名下房产，而且这个人名下已经有另外一套房产，那么这套房就算作第二套房产。
需要注意的是，夫妻双方在离婚协议中的分配应该是公平合理的，不能有一方利益受损的情况。如果分配存在争议，可以通过司法途径解决。
总之，民政局离婚协议算不算首套房应该根据协议具体涉及的房屋情况和相关的政策规定来判断。无论如何，都需要公平合理地进行配偶财产的分配，遵循法律规定。
