南京市法院在判决儿子抚养权的案件中，主要考虑以下几个因素：
1. 儿子的年龄。如果儿子已经年满16岁，那么他的意见会被很大程度上的考虑。如果他希望跟其中一方生活，法院会尊重他的意愿。
2. 父母的身体和心理状况。如果某一方身体或心理上不适合照顾孩子，那么抚养权更可能被判给另一方。
3. 父母的经济状况。能够提供更好的经济支持和生活条件的一方更可能获得抚养权。
4. 父母的育儿能力。如果某一方能够更好地满足儿子的生活和成长需要，那么他可能会获得抚养权。
在决定儿子抚养权的案件中，法院的关注点是儿子的最佳利益。因此，法院会综合考虑各种因素，以确保儿子能够在最好的环境中成长。如果儿子抚养权的判决对任何一方造成不公平的影响，法院也可能会做出相应的调整。
