南京市的关于抚养权的判决主要是以维护儿童权益为重点，而不是保护父母权益。根据《中华人民共和国婚姻法》等相关法律法规，南京市法院在判决抚养权的案件中考虑以下因素：
第一，儿童的身心健康状况。南京市法院会考虑到儿童的成长环境，例如对教育、卫生、安全等方面的保障程度。并且，儿童的心理因素也应得到考虑，例如儿童是否喜欢和哪一个父亲在一起生活等。
第二，父母的抚养能力。南京市法院会对双方父母的经济状况和生活条件作出评估，以及父母对儿童的关心、照顾和教育能力进行考评。
第三，儿童的意愿。如果儿童已经到达能够表达自己意愿的年龄，南京市法院会听取儿童的意见，并根据儿童的实际情况做出合理的判决。
总之，南京市法院在判决抚养权的案件中主要以儿童的利益为重点，尽可能维护儿童的权益和福利。在判决抚养权的过程中，南京市法院一定会根据具体情况综合考虑各种因素，最终做出公正和合理的判断和裁决。
