拆迁协议代替征收是否合法，取决于具体的情况。在一些特定的情况下，拆迁协议是合法的，但在大多数情况下，它不是合法的。
首先，让我们了解一下拆迁和征收的概念。拆迁是指政府在合法程序下，以公益为目的，对违法建筑、危房、老旧小区、市政基础设施建设等进行强制性拆除，并给予相关补偿或安置。而征收则是指政府强制性征用私人的土地或房产，通常用于国家重点项目建设等目的，并给予相应补偿。
在我国，拆迁和征收都需要遵循法律程序和相关规定，确保被拆迁或征收的对象得到合法补偿和公正待遇。对于拆迁，必须在合法程序下进行，必须遵守相关规定，并给被拆迁人适当的补偿或安置。对于征收，则必须符合相关法律和规定，征收补助金必须给到征收对象的手中。
在这个背景下，如果拆迁协议能够在遵守法律程序和相关规定的前提下达成，那么它是合法的。但事实上，大多数拆迁协议都存在问题。主要有以下几个方面：
第一，协议不是强制性的。拆迁协议是双方自愿达成的协议，当然也可以是政府强制通过的。但在很多情况下，被拆迁方并没有足够的议价能力和协商能力，结果是被迫接受政府给出的协议，而没有相应的权力和资源保护自己的利益。
第二，协议的补偿标准不清晰。在大多数情况下，拆迁协议的补偿标准并不公正、合理，往往与当地的房价、市场价格相差很大，给被拆迁方造成了实际上的损失，导致他们不能够得到应有的补偿。
第三，协议违反了法律规定。在拆迁协议中，如果规定的补偿标准、补偿方式等违反了有关法律规定，那么这个协议就是不合法的。
综上所述，拆迁协议并不能完全代替征收，而且在很多情况下，它也是不合法的。政府应该在拆迁和征收中采取更加公正、透明、法律程序化的方式，保护公民的合法权益。
