协议离婚的办理部门主要是人民法院。离婚的最终结果是终止夫妻之间的婚姻关系，涉及到法律程序和相关法律条款的适用，因此需要由专业的司法机关处理。
在办理协议离婚时，可以选择到当地基层人民法院或市级中级人民法院进行申请，具体的办理流程如下：
1.双方协商一致，达成离婚协议书。
2.双方一同前往当地人民法院提交协议书，并呈交相应的相关证件，例如结婚证、户口本等。
3.法院工作人员会核对申请材料并进行审批，如果发现申请材料存在缺失或不符合法定要求，会及时的提出补充要求。
4.一般情况下，如果法院没有对提交的申请材料有质疑，则会在办理期限内予以受理，并听取双方意见，确定其中的法律事实和法律关系，并签署裁判书（离婚判决书）。
5.最终，法院会发出离婚证明，作为双方离婚的法律依据。
需要注意的是，在协议离婚的过程中，如果双方在离婚协议书签署后出现争议或未达到一致，则需要转为诉讼离婚，并由人民法院依法进行处理。
