协议离婚是夫妻双方在离婚事项上达成一致意见，离婚产生的后果由夫妻双方自行承担的一种离婚方式。对于协议离婚过程中是否还能对小三提起诉讼，需要具体情况具体分析。
根据我国的相关法律法规，婚姻法明确规定：不得在婚姻关系存续期间，擅自与他人同居。在婚姻关系存续期间，如果有一方配偶与他人同居，另一方可以向人民法院提出离婚诉讼。因此，在协议离婚前，如果发现了配偶与小三有不正当关系，就可以依法提起离婚诉讼。如果双方在协议离婚协议里没有将此事进行明确约定，那么在离婚协议生效后，就不再可能以此为由再次起诉离婚。
但是，如果协议离婚已经生效，并且双方已经达成协议并签署了离婚协议书，那么除非在离婚协议中有相关的约定，否则是不能再以此为由提起离婚诉讼的。但如果您能提供确凿的证据证明自己的配偶和小三在婚姻关系存续期间有不正当行为，那么您可以根据“侵权责任法”相应规定，以侵害名誉权、侵害人身权等罪名对小三进行起诉，追究其相关的法律责任。
总之，在协议离婚后可以对小三提起诉讼的前提是必须要有具体证据证明小三的不当行为，并且最好在离婚协议书中有相关约定。只有在此前提下，才能有效地保护自己的合法权益。因此，在协议离婚时，双方应该协商好离婚协议内容，尽量避免发生这一情况的发生。
