协议代替征收拆迁在某些情况下是可以合法的，但不是所有情况下都是合法的。首先，必须要明确的是，征收拆迁涉及到国家利益和公共利益，需要经过合法程序的决定，这是法律规定的原则。因此，在征收拆迁的实施过程中，必须要遵循法律程序，确保合法性。
如果按照法律规定的程序征收拆迁，而与业主协商达成一致，是可以在一定程度上代替征收拆迁的。但是，这里面有几个重要的前提和条件需要满足。首先，协议必须是在充分沟通的前提下达成的，必须是在业主自愿的情况下，达成的合法协议。其次，协议必须符合法律规定的标准和要求，不能违反国家和公共利益的原则。最后，协议的执行必须符合法律规定。
如果达成的协议不能保证以上条件的话，就不能代替征收拆迁的合法程序。因为，这样的协议存在很多潜在的法律风险和社会风险，会给社会稳定带来不利的影响。在实际工作中，政府和开发商需要遵循宪法、法律和规章制度，尽可能地使市民受到公正、正义的待遇和考虑。一旦发现暴力拆迁等法律问题，政府和开发商应主动控制和整改，保障市民的合法利益。
