根据我所掌握的法律知识和南京地区的实际情况，协议离婚交房租是完全合法的。
首先，离婚是夫妻自愿达成的协议，双方在自行协商达成离婚协议时，可以约定包括物业费、房租等在内的财产分割方式。这种约定是合法的，只要双方达成一致，就应该按照协议的约定执行。当然，如果约定的内容违反法律的规定，如存在不公平、不合理、不合法的条款，应该遵循法律规定进行修改。
其次，南京市的房租交纳方式较为灵活。依据南京市房屋租赁管理条例，房屋租金缴纳有多种方式，如一次性支付、分期支付、抵押或担保等。交房租的方式可以由双方自行约定，因此，将房租的支付约定在协议离婚协议中也是完全合法的。
需要注意的是，协议离婚交房租之前双方应该进行详细的沟通协商，确保约定的内容合法有效、具有可执行性。也应当注意，协议离婚交房租只是离婚后的财产分割方式之一，双方还需要对其他财产如婚姻共同财产、子女抚养费用等进行协商并达成一致。
总之，在南京地区，协议离婚交房租是完全合法的。双方可以依据自身实际情况进行协商达成离婚协议，确保离婚后的财产分割合法有效、公平合理。
