协议离婚交房租在南京是有效的，但需要遵守法律规定和注意事项。
首先，根据《中华人民共和国婚姻法》规定，离婚双方应当协商财产分割和债务清偿等事宜。因此，离婚财产分割包括房租问题可以通过协议离婚来解决。但是，协议离婚应当由离婚双方自愿达成，不得有强制或者不公正的情况出现。
其次，南京房租相关规定表明，租房双方应当按照租赁合同约定支付租金。如果合同中未规定具体支付方式或时间，双方可以协商约定。因此，离婚后的协议中应当体现支付方式以及具体时间等细节问题，避免出现不必要的矛盾和纠纷。
最后，协议离婚在生效前应当由相关部门进行审核，并签订协议书，以确保离婚财产分割和债务清偿等事宜合法有效。因此，离婚双方应当咨询专业人士，了解相关法律和注意事项，避免因为不当的协议离婚导致后续纠纷和损失。
综上所述，协议离婚交房租在南京是有效的，但需要注意法律规定和注意事项，确保平等自愿和合法有效。
