协议离婚是指夫妻在婚姻关系中自愿达成协议，协商解决财产分割、子女抚养等问题，然后经过法定程序最终离婚，这种离婚方式是法律承认的一种合法形式。通常情况下，协议离婚并不会留下案底。
在协议离婚过程中，夫妻双方都无需向司法机关提交具体的诉状和答辩状，在调解员或律师的协助下完成协议，然后交由人民法院进行受理，审查是否符合法定程序，最后生成离婚证书，这种离婚方式不涉及诉讼过程，所以不会产生案底记录。
相反，如果夫妻未达成协议，而是选择进入诉讼程序，离婚案件就会被司法机关受理，法庭将对夫妻双方自述的离婚事由、财产分割、子女抚养等进行审理，如果最终判决离婚，离婚判决书将会被保存在法院的档案系统中，成为案底记录。
虽然协议离婚不属于诉讼范畴，但是一些特殊情况下，离婚协议也可能会产生案底记录，如当事人在协议离婚过程中存在过激行为、违反法律规定等情况，将会被纳入公安机关的警务系统中，形成案底记录。
综上所述，协议离婚本身不会留下案底记录，如果夫妻在离婚过程中避免出现任何违法行为，就不必担心离婚会给自己留下案底。但是如果双方无法达成协议，进入诉讼程序，离婚判决书将会成为案底记录，这也是值得夫妻双方深入思考的一个问题。
