协议离婚指的是双方自愿达成离婚协议，经过调解或协商后，将离婚协议书提交法院，由法院审查确认离婚协议是否合法有效，最终颁布判决书。
在协议离婚中，如果没有财产分割、子女抚养权和探望等纠纷，那么离婚案件不会留下任何案底。因为协议离婚是双方自愿达成协议，并未涉及到法院审判，所以离婚协议书不会被计入法院案底中。
然而，如果双方在协议离婚过程中产生了不同意见或纠纷，那么离婚案件就会转为有争议离婚案件，需要经过诉讼程序进行审理。有争议离婚案件需要提交证据，由法院进行审判，因此在这种情况下，就会留下记录在案底中。
另外，如果协议离婚涉及到了不正当得利和违反法律规定等问题，那么该离婚协议就会被认定为无效，此类情况同样会被计入到案底中。
总之，在协议离婚过程中，只要双方自愿且没有产生争议，离婚协议就不会留下任何案底。但如果涉及到争议或违法行为，就会被记录在法院案底中。
