根据我所了解的情况，在协议离婚的情况下，双方在达成离婚协议后，可以提出离婚申请，结束婚姻关系。而一旦协议离婚生效，各项事宜都已经在协议中明确约定，所以在协议离婚三年后提起诉讼来修改离婚协议，可能存在一定的困难。
根据我理解，如果协议离婚后双方按协议办理妥当，不存在纠纷，这种情况下，协议离婚后三年起诉很可能无法得到足够的证据证明协议离婚后双方的权利和义务已经发生了变化，且对自己的利益产生了损害。所以，如果单方要对离婚协议进行修改，应该在协议离婚后的较短时间内进行，以确保有效性和证据的准确性。
当然，在某些情况下，协议离婚后可能会出现双方之间的争议和冲突，如前夫在协议约定时间内没有按照协议规定支付赡养费或在财产分割方面产生了纠纷等，此时可以考虑启动法律诉讼程序。然而，在协议离婚三年后提起诉讼来修改协议，很可能被认为是过于迟早，并需要在法律程序中面对很多困难。
总的来说，在协议离婚后提起诉讼来修改协议，必须有充分的证据和严密的逻辑基础，更好的做法是理性处理离婚协议中的纠纷，避免法律程序对双方利益的进一步损害。
