上海农村宅基地不算二套房，因为宅基地的性质与房屋不同。
首先，宅基地是由国家或村庄集体土地进行划拨、发包或出让的一种非永久性土地使用权，可以在上面建房屋或兴建农业生产用房。而房屋则是指建造在宅基地上的房子，具备居住、办公或商业等功能，属于不动产。
其次，二套房指个人或家庭拥有的第二套住房，属于房屋的所有权。在国家的住房购房政策中，对第二套住房有相应的限制和要求，如首付比例、贷款利率等方面。
因此，宅基地和房屋的性质不同，不能视为二套房。在购买宅基地建房时，也要遵守相关规定，如取得宅基地证、符合规划标准等。同时，在宅基地上建房后，居住证明、物业证明等手续也需要办理。
