北京市通州区的农村宅基地归属问题，主要由两个部门共同管辖，即通州区农业农村局和通州区房屋土地管理局。
通州区农业农村局负责管理农村土地资源，包括规划、管理、分配、监管等工作。根据《北京市农村宅基地管理办法》规定，农村宅基地的分配必须得到当地农村集体经济组织或者政府批准，并依照国家和地方有关规定缴纳宅基地出让金。因此，农村宅基地的规划、分配和管理工作，属于农业农村局的职责范畴。
通州区房屋土地管理局负责管理市场上的房地产开发、土地利用等工作。在农村宅基地的利用方面，房屋土地管理局需要确保宅基地的合法使用和信息管理工作，对于未经过国家和地方有关部门批准的农村宅基地使用、转让等行为，将进行查处和追责。
综上所述，通州区农村宅基地归通州区农业农村局和通州区房屋土地管理局共同管辖，双方都有各自的职责和管理任务。两个部门需要密切配合，加强信息沟通和协调合作，确保农村宅基地的规范利用和合法管理。同时，还需要通过完善制度建设，加强政策宣传和法制教育，提高农民的法律意识和规范意识，推动农村宅基地的绿色、健康、可持续发展。
