协议离婚时，房产证的分配通常会按照双方的协商和意愿来确定。首先，如果双方都对房产有共同的权益，则可以根据各自的贡献和使用情况来进行划分。例如，如果一方持有房产证，但另一方经常进行房屋装修和维护，则双方可以商定将房产权益分给这两个人。
另外，如果夫妻双方在婚前或婚后通过共同财产购买的房产证，则根据夫妻双方的比例进行分配。例如，如果一方出资购买70%的价格，另一方出资购买30%的价格，那么在离婚协议中，双方应该按照此比例划分房产权益。
当然，在某些情况下，由于双方存在利益冲突或纠纷，可能需要通过法律诉讼来决定房产证的分配。如果房产是在婚姻关系中所购买的，则房产的分割需根据专业的律师建议和法律规定来完成。
总之，在协议离婚时，分配房产证的结果应该是公平、合理、符合双方的愿望和利益，并遵循相关法律和法规的规定。只要双方建立和睦的合作关系，就可以顺利解决这个问题。
