协议离婚时，夫妻双方对于两套房子的分配问题需要进行协商。首先，要明确两套房子的归属情况。若是夫妻共同购买，一般应该按照双方出资比例来确定房产产权。若是其中一方独自购买，那么房产应该归该方所有。
在协商分配方案时，可以考虑以下几种情况：
1. 共同出资购买的两套房屋可以协商不同的分配方式。例如，一套归一方所有，一套归另一方所有；或者一套由一方出售给另一方等。
2. 若是其中一方独自购买的房产，可以按照其出资情况来进行分配，或者另一方放弃该房产，换取其他的财产或者金钱赔偿。
3. 若是双方对两套房产归属问题产生分歧，可以通过司法途径解决。一方可以向法院提起诉讼，要求分割两套房产。
最终，分配方案应该符合法律规定，并得到双方的认可和签署。在协议离婚中，夫妻双方应该以诚相待、尊重对方意见，以协商一致为原则，达成公平合理的分配方案，实现和平分手。
