协议离婚的程序是一种无争议离婚方式，夫妻在离婚前，通过协商达成离婚协议，将涉及到的财产分割、孩子抚养、婚姻证明等问题都处理好之后，再进行解除婚姻关系的法律程序。而在这个程序中，夫妻之间可以在离婚前选择分居的方式，达成协议离婚后再正式解除婚姻关系。
在实际操作中，协议离婚的程序多数情况下都需要夫妻两个人共同到法院进行办理，因此分居是否可以在协议离婚的程序中进行，主要看离婚法律的规定和当地法院的数据分析。
一般情况下，夫妻分居是无法被法律所禁止的。法律只是要求，如果夫妻一方要提出离婚请求，需要证明夫妻关系已经经过一定时间的分居，双方无法恢复夫妻关系，才能提起离婚的诉讼。
因此，如果夫妻已经达成了协议离婚的意愿，则可以先在法律允许的情况下分居，然后通过协议离婚的程序来离婚，并将分居的协议纳入到离婚协议中一起处理。
不过，在协议离婚前，夫妻双方需要处理的问题还很多，既有孩子抚养的问题，也有财产继承的问题，还有抚养费、赡养费等财产分割问题等等。因此，建议夫妻双方在考虑协议离婚前，一定要提前咨询专业的律师或婚姻家庭咨询师，了解具体的规定和流程，以便能够高效地解决问题、保证自己的权益。
