协议更改抚养权需要在当地的民政局或法院办理。具体流程如下：
1.准备资料：身份证、户口本、离婚协议书或调解书等相关材料。
2.填写申请表格：根据当地相关规定填写相应表格。
3.提交申请：将填好的表格和相关材料带到当地民政局或法院，进行申请。
4.审批：工作人员会对申请进行审批，如需要，会进行核实抚养权及监护能力。
5.出具相关证明：经过审批后，民政局或法院会出具相关的证明文件，确认更改后的抚养权。
需要注意的是，抚养权的更改需要符合法律规定，不能侵犯儿童的合法权益。同时，在更改抚养权后，双方需履行协议规定并保障子女的生活及教育权益，才能确保子女的健康成长。
