协议更改抚养权需要在法院办理。协议更改抚养权是指原本达成的抚养协议双方有异议，需要进行更改。在这种情况下，当事人可以向法院提起诉讼，要求更改抚养权协议。在提起诉讼之前，双方需要通过家庭调解等方式协商解决，如果协商无果则可以进行诉讼。
具体的办理流程如下：当事人可以向当地法院提出诉讼申请，提交相关证据，例如被抚养人的身份证明、家庭收入证明、身体状况证明、学龄儿童的学籍证明等。法院会在收到申请后，安排庭审，听取当事人意见和调查取证结果，最终依法作出更改抚养权协议的判决。
在整个诉讼过程中，双方需要秉持公平、公正、公开的原则，按照法律程序进行诉讼。同时，应该尽量减少影响孩子的身心健康，保护被抚养人的权益和利益。
总之，协议更改抚养权需要进行法律程序，双方需要通过合法途径解决争议问题，维护法律和社会的公平公正。
