协议拆迁是指在政府的支持下，房屋拥有者与拆迁方签订拆迁补偿协议的一种拆迁方式。但是，协议拆迁中常常会出现一些问题，例如违反协议约定、未按时履行补偿义务等等。如果拆迁方未按照协议履行义务，导致拆迁房屋依然存在，房屋拥有者可以通过行政诉讼来维护自身权益。
首先，要进行行政诉讼，需要满足一定的条件，如要有具体违法行为、被告行为已具有法律效力等等。如果被告方在协议拆迁中存在违反协议约定、不履行补偿义务等行为，那么被告方的行为就已经具有违法性质。根据《行政诉讼法》规定，被告方的行为已经具有法律效力，房屋拥有者可以提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
其次，行政诉讼的目的是维护公民、法人和其他组织的合法权益和利益，促进国家权力机关和其他国家机关、组织和个人依法行政。如果被告方未履行协议义务，协议拆迁导致部分房屋未被拆除，导致公民合法权益受到损害，这时候房屋拥有者就可以提起行政诉讼来维护自己的合法权益，并促进国家机关和其他组织、个人依法行政。
综上所述，协议拆迁中如果存在违反协议约定、未履行补偿义务等问题，房屋拥有者可以通过行政诉讼来维护自身权益。但是在进行行政诉讼前，需要事先了解相关法律法规和程序，以避免遗漏重要细节，进而导致失败的结果。
