抚养权起诉的时间限制主要是为了保障当事人的合法权益，维护法律的公平、公正性。
首先，限定时间能够促进当事人及时行使诉讼权利，防止过去的事件干扰并且影响当事人为子女创造良好家庭环境的能力。如果没有时间限制，当事人可能会在很久之后才提起诉讼，这会导致证据难以找到、证人记忆模糊等情况，从而引发矛盾和纠纷无法得到有效解决，对当事人和社会将造成不良影响。
其次，限制时间也有利于保护抚养权的稳定性。如果抚养权合法拥有人很久未行使自己的权利，而此时子女已经适应了新的环境和生活方式，并且善良的养育者已经为子女提供了良好的生活与教育环境，若此时被迫更替，子女不仅需要适应新的环境和生活方式，从而影响了其心理和身体上的健康。长期的纠纷也将其抚养权的权益变得不稳定。因此，设定时间限制旨在减少此类情况的发生，提高抚养权的稳定性及其对子女的保护。
综上所述，抚养权起诉为什么要两年内，是为了维护当事人的合法权益，保护抚养权的稳定性和子女的生活环境，并促进案件的及时解决，是保障法律公平、公正性的一种方式。
