军人离婚有协议的情况下，应按照有关程序办理离婚手续。具体办理流程如下：
1.达成离婚协议书。离婚协议书应由双方配偶本人亲笔签字，并经当地县级以上人民法院审查后生效。
2.提出离婚申请。军人可以向所在部队的法律工作机构递交离婚协议书和申请书。
3.法律工作机构是否受理、调解或转送牵头的法院审理。
4.离婚协议书生效。如果申请离婚的双方都已签署了离婚协议书，并经过法院审查后，确认协议书无效性时，则离婚协议书便生效。
总之，离婚双方可以通过协议书共同商定如何分割财产和抚养子女等问题，缩短离婚时间和减少离婚纠纷。在具体办理离婚手续时一定要按照法律程序办理，以确保离婚协议书的合法、有效和可执行性。
