农村宅基地主要由农村土地管理部门管理。具体来说，农村土地管理部门包括国土资源、农业、林业、水利等部门。这些部门负责管理农村土地的规划、调查、审批、登记、备案等工作，其中包括宅基地的审批和登记。
在农村宅基地的管理中，国土资源部门是核心部门。国土资源部门主要负责宅基地的土地出让、土地承包、土地使用权转让等工作，同时还需考虑农业生产、生态环境等因素，以维护宅基地农户的合法权益，保障土地资源的可持续利用。
农业部门是宅基地管理的重要支持部门。农业部门需要根据不同地区的土地规模和环境条件，建立有关宅基地和农民的生产生活信息库，以系统化、数据化、多方位地提供服务和支持，保障农村宅基地的消费需求、安全问题、生产经营等方面。
林业、水利等部门对宅基地的管理也具有重要的作用。林业部门应加强林地保护和管理工作，防止林地破坏，维护生态环境的平衡稳定；水利部门应加大水资源的治理力度，给予农民更多关爱和支持。
需要强调的是，以上部门在宅基地管理中的职责和作用不能孤立地看待，只有各部门之间合作协调，密切配合，才能实现农村宅基地管理的快速高效化和规范化。
