农村宅基地三层的面积计算是根据建筑面积、净高和建筑物的实际层数来确定的。三层的宅基地包括一层、二层和三层，每层面积需要按照标准规范进行计算。
首先，计算建筑面积。农村宅基地三层的建筑面积通常是指建筑物所有层的建筑面积之和，包括墙体、地面、天花板和屋顶的面积。建筑面积的计算应根据设计图纸上的建筑结构、房间布局和建筑物的实际大小等因素进行测算。
其次，计算净高。净高是指楼层之间的距离，可以通过测量一层内的天花板高度和楼层底部之间的距离来计算。通常情况下，农村宅基地三层的净高应该不少于2.8米，这样才能满足住房的生活和居住功能，并且符合相关标准规范。
最后，根据建筑物的实际层数进行计算。农村宅基地三层的面积应该按照三层的实际层数进行计算。实际层数是指真正存在的楼层，不包括地下室或半地下室的面积。每层的面积应该按照标准规范进行计算，而且每层的净高也需要满足相关标准规范，以保证农村宅基地的合法性。
综上所述，农村宅基地三层的面积计算需要考虑建筑面积、净高和实际层数等因素，并且根据相关的标准规范进行测算和计算，以确保宅基地的合法性和科学性。
