事实婚姻的协议离婚，首先要明确的是事实婚姻不具有法律婚姻的法律效力，因此离婚涉及的法律程序与法律婚姻有所不同。
如果双方在事实婚姻中签订了离婚协议，应当按照协议的约定进行离婚。但如果出现了一方没有履行协议的情况，可以将协议纳入民事诉讼中进行争议解决。
如果双方未签订协议，可以通过起诉法院请求解除事实婚姻的关系。在诉讼中，需要出具证明双方已经分居一段时间的证据，同时需要将离婚协议纳入其中。
需要注意的是，事实婚姻中的财产分割也需要依据实际情况进行处理。如果双方在离婚协议中已经约定了财产的分割方式，应当按照协议执行。如果未签订协议，需要按照《合同法》和《民法典》的相关规定进行财产分割。
总之，事实婚姻的协议离婚需要双方协商一致，并按照协议的约定进行处理。如果出现争议，可以通过诉讼进行解决，同时需要考虑到财产分割的问题。
