拆迁协议纠纷是指在城市或农村建设项目中，政府或开发商与居民签订的拆迁补偿协议中发生的纠纷。其主要案由包括以下几种：
1.补偿标准不公正。居民认为自己的财产被评估的价值过低，补偿款不足以支付新房的购置和修缮费用等，拆迁方则认为补偿费用和规定的标准相符。
2.政府或开发商未按照协议约定支付补偿款。在拆迁过程中，政府或开发商未按协议约定及时支付居民的补偿费用等，导致居民合法权益受到损害。
3.居民拒绝拆迁或强制拆迁。有些居民认为政府或开发商拆迁事宜未得到充分的协商，或者拒绝接受政府或开发商给出的方案，从而拒绝拆迁。而某些情况下政府或开发商采取了强制手段进行拆迁，导致居民的正当权益被侵害。
4.未按约定时间启动拆迁工作。政府或开发商未按照协议约定的时间启动拆迁程序，导致拆迁时间推迟和户主长期无法居住。
5.拆迁补偿产生的税费。政府或开发商在支付拆迁补偿款时，未将应缴的税费减少后支付；或居民收到补偿款时未能根据相关法规进行正确的缴税，从而导致税费问题的纠纷。
总之，拆迁协议纠纷是一次复杂的事情，需要各方尽力协商并尽量达成妥善解决方案，以维护公平合法的权益。
