拆迁与协议的根本区别在于它们的主体、实施方式以及合法性。
首先，拆迁是政府基于公共利益进行的行政管理行为，其主体是政府，拥有相关的法定权利和职责。政府主导拆迁工作的目的是为了开展城市建设、改善城市环境、提升城市形象等目标。协议则是指在地权财益问题上，由拆迁方与被拆迁方就拆迁补偿、安置等问题进行协商达成的一种协议，主体是双方。
其次，拆迁实施是依据相关法规法律进行的程序，包括立案核实、调查评估、咨询教育、补偿安置等流程。而协议，双方达成协议后需要经过相关部门审批，同时也有法规法律作为依据，但是其实施方式更多是双方自行协商达成。
最后，拆迁和协议的合法性也是不同的。拆迁依据会依据法规法律，确保了政府权利与责任的合法性。而协议则需要遵循相关法规法律，以保证附属权益的保护和双方协商的公平性、合理性，确保协议合法有效。
总之，拆迁和协议在主体、实施方式和合法性等方面存在巨大区别。虽然两者都是关于拆迁相关的事宜，但实质上拆迁是政府根据法规法律实行的合法行为，而协议则是在拆迁实施之后，双方自行协议达成的一种民间合同，是一种政策措施。
