拆迁协议存底款一般存放在两个方面：
1、政府部门存储：拆迁协议中的存底款一般由政府部门存储，这是因为政府部门作为拆迁的管理者，必须要保证拆迁的公正性和透明性，因此存底款的管理也应该由政府部门来负责。政府部门对于存底款的管理有一系列的规定，包括存款的时间、存款的方式、存款的利息等方面都要符合国家有关法律和法规的规定。政府部门存储的存底款不仅保证了拆迁的透明度，同时也为被拆迁的居民提供了保障。
2、银行存储：另外，拆迁协议中的存底款也可以由银行存储。一般来说，如果拆迁协议中的存底款比较大，政府部门会要求居民将存底款存入银行进行存储。银行的管理比政府部门更加专业，能够保障居民的存款安全，同时也能够提供更好的利息。如果居民选择银行存储，需要注意的是要选择正规的银行，避免遭受不必要的损失。
总之，拆迁协议中的存底款一定要选择正规的存储方式和正规的存储机构，以保证存款的安全和稳定增值。同时，居民也要对政府部门和银行的管理及收益情况进行了解和监督，以保护自己的合法权益。
