如果夫妻双方分居六年并且达成协议离婚，那么他们需要按照法律程序完成离婚手续。首先，他们需要撰写一份离婚协议书，明确双方离婚的意愿、财产分割、子女抚养与探视等事项，并在协议书上签字盖章作为证明。
接下来，他们需要将协议书提交给当地的民政局办理离婚登记。在提交申请时，夫妻双方需要一同到场，并提供有效的身份证件以及离婚协议书等相关材料。此外，如果夫妻双方存在未成年子女，还需要提供子女抚养协议书、出生证明、户口簿等证明材料。
一旦办理好以上手续，民政局会在15个工作日内办理完毕，并颁发离婚证书。夫妻双方须认真审查离婚证书是否准确无误，如有异议可向民政局提出申诉，但必须确保证据充分、合法有效。
在离婚后，夫妻双方应当认真处理好财产分割等事项，避免因此产生过多的纷争。此外，如果存在未成年子女，双方需依照协议书上的约定履行抚养和探视义务，保证未成年子女的健康成长。
总之，夫妻双方分居六年协议离婚时，需要依照法律程序认真办理手续，明确财产分割以及子女抚养等事项，确保离婚过程顺利快捷，同时避免产生过多的纷争和后悔。
